近日，主題為“聚焦創新研究，引領原創未來”的第24屆全國臨床腫瘤學大會暨2021年CSCO學術年會以線上會議形式召開。本次大會上浙江大學醫學院附屬邵逸夫醫院普外科錢浩然教授作了題為“NGS檢測在GIST基因檢測的應用研究”優秀論文專題匯報，分享了基于胃腸道間質瘤基因檢測數據的分析與研究。會后我們特別邀請到錢浩然教授，就胃腸道間質瘤的診療展開分享。
問題1：胃腸道間質瘤的基因檢測目前有何意義？
胃腸道間質瘤（gastrointestinal stromal tumors，GIST）是胃腸道最常見的間葉組織來源腫瘤， 起源于Cajal間質細胞，占全部胃腸道惡性腫瘤的1%-3%。胃腸間質瘤的發生，靶向治療，耐藥機制都與基因突變有密切的關系。基因突變的結果影響胃腸間質瘤診斷、治療、預后判斷、隨訪計劃制定等。目前NCCN、ESMO和CSCO指南都一致推薦對胃腸道間質瘤患者進行基因檢測。
問題2：目前您對胃腸道間質瘤的各種類型檢測方法有什么看法？NGS方法學用于GIST檢測相比較有什么不同之處？
首先，目前對于胃腸間質瘤的基因檢測方法有Sanger，NGS和ddPCR, 他們有著各自的優缺點。Sanger法已經是比較成熟的一種檢測方法，試劑成本中等且操作簡單，但是它只能聚焦在已知位點的突變情況，對于低頻突變檢測能力不足，并且多個基因或者多個外顯子檢測時樣本量要求較高。而ddPCR的方法可以針對已知位點檢測，從而實現絕對定量，且敏感性和特異性更高。但是這種方法檢測通量較小，只能檢測設計好的已知位點，檢測開發成本較高，更適合用于特定位點檢測。
相比之下，NGS法可同時檢測已知和未知基因突變，可進行深度測序，靈敏度高，檢測使用的樣本量少且可以同時檢測多個基因。
我們在早期的時候，對胃腸間質瘤患者的基因檢測主要采用Sanger法，但也暴露出一些問題，比如晚期GIST耐藥后繼發性突變檢測陽性結果偏低；穿刺標本，術前治療標本的野生型病理偏高。2019年，我們開始使用NGS測序，它可以利用較少的標本，一次檢測獲得更全面的基因突變信息，對繼發性耐藥突變的檢測和穿刺活檢標本的檢測具有檢出優勢。
問題3:目前您在浙江大學醫學院附屬邵逸夫醫院開展的GIST基因檢測工作主要是圍繞哪些方面？
目前在邵逸夫醫院開展的GIST基因檢測工作主要是想要通過基因檢測的方法去探索臨床問題，包括了研究GIST基因突變特征，原發灶基因突變與臨床病理關系以及原發灶與復發灶基因突變特征對比。我們跟迪安診斷聯合開發的胃腸道間質瘤基因檢測panel，涵蓋了相關9個基因的158個CDS區域及剪接位點（KIT，PDGFRA, BRAF, KRAS, NF1, SDHA, SDHB, SDHC, SDHD）。通過一定數量原發性和復發轉移性胃腸間質瘤檢測結果綜合分析，達到了傳統NGS綜合檢測panel的水準。并且具有一定的價格優勢，可以用于GIST分子分型（KIT/PDGFRa突變型、WT型）和用藥指導。
問題4: 您對未來的看法是什么？
在未來對于胃腸道基因檢測panel的優化，數據的累積分析以及ddPCR檢測液態活檢技術的開發是我們團隊今后努力的方向。未來也希望跟迪安進一步加深合作，推動精準醫療的高質量落地和穩步發展。
